Do podstawowych zalet metody DCF zaliczyć należy:

• oparcie wyceny na parametrach kluczowych dla tworzenia wartości przedsiębiorstwa: oczekiwanych dochodach i ryzyku,
• praktycznie brak zewnętrznych ograniczeń dla jej stosowania,
• spójność z podstawową koncepcją oceny projektów inwestycyjnych za pomocą miernika NPV.

Jedną z najistotniejszych zalet metody DCF jest jej oparcie na fundamentalnych dla tworzenia wartości przedsiębiorstwa wielkościach: oczekiwanych dochodach i ryzyku. Stanowi to dużą pomoc decyzyjną dla inwestorów i zarządów. W naturalny sposób decydenci mogą analizować wpływ rozważanych decyzji zarówno na oczekiwane dochody jak i na kształtowanie ryzyka. Możliwe jest zatem zaplanowanie optymalnej relacji między dążeniem do maksymalizacji oczekiwanych dochodów a staraniami o minimalizację ryzyka. Optymalną relacją będzie oczywiście ta maksymalizująca wartość kapitału własnego. 

Ważną zaletą metody DCF jest jej właściwie nieograniczony zakres stosowalności. Nazwa metody „dochodu z obligacji z premią za ryzyko” sugeruje co prawda, iż do jej stosowania konieczny jest aktywny rynek obligacji korporacyjnych. W rzeczywistości jednak w miejsce dochodu z obligacji można wykorzystać oprocentowanie inwestycyjnego kredytu bankowego. Uwidacznia się tu przewaga w uniwersalności DCF nad podejściami alternatywnymi. Na przykład metody porównawcze wymagają istnienia dobrze rozwiniętego rynku kapitałowego. Główne warianty metod majątkowych można zastosować jedynie mając wiedzę o cenach transakcyjnych dóbr stanowiących bliskie substytuty kluczowych składników majątku wycenianego podmiotu.

Najpopularniejszą koncepcją oceny pojedynczych projektów inwestycyjnych jest kalkulacja tzw. wartości bieżącej netto (NPV). Metoda DCF może być interpretowana jako wariant koncepcji opartej na NPV, gdy jako projekt inwestycyjny potraktuje się całe przedsiębiorstwo. Naturalnie, gdy do oceny pojedynczych projektów w ramach spółki stosowane jest odmienne podejście niż do wyceny całej spółki, nietrudno o pojawienie się niespójności i problemów interpretacyjnych. Przy stosowaniu koncepcji NPV do oceny projektów inwestycyjnych, zastosowanie metody DCF do wyceny całości podmiotu jest pewnym sposobem na uniknięcie wspomnianych trudności.