Metoda DCF posiada również istotne wady. Wady tej metody, a stąd też jej krytyka, dotyczą:

• skomplikowanej procedury obliczeń,
• niemożliwej do wyeliminowania subiektywności w szacowaniu przyszłych wolnych przepływów pieniężnych,
• dużego subiektywizmu w szacunkach wzrostu wolnych przepływów pieniężnych po okresie szczegółowej prognozy,
• autoreferencji („błędnego koła”),
• braku możliwości sformułowania precyzyjnych wytycznych co do szacowania kosztu kapitału własnego.

Komplikacja obliczeń w praktyce zazwyczaj przejawia się w postaci stosowania złożonego arkusza kalkulacyjnego o wielu powiązanych ze sobą formułach. Często zdarza się, że pojawiające się błędy nie są łatwe do wykrycia. Świadomość tego faktu rzutuje na ograniczone zaufanie do ostatecznych wartości wyceny. Warto podkreślić, iż wycena powinna spełniać funkcję argumentacyjną przy negocjacjach dotyczących transakcji kupna/sprzedaży. Negocjujący nie zawsze są ekspertami z zakresu finansów i pewne aspekty procedury DCF mogą być przez nich postrzegane jako niezbyt przekonujące. Dotyczy to na przykład takich abstrakcyjnych pojęć, jak „koszt kapitału własnego” czy też „wartość rezydualna”.

Kwestia subiektywności w szacowaniu przyszłych wolnych przepływów pieniężnych jest naturalną konsekwencją niemożności dokładnego przewidzenia przyszłości. Zazwyczaj z największą niepewnością mamy do czynienia przy prognozowaniu wpływów ze sprzedaży. W innych metodach wyceny problem ten nie jest jednak aż tak wyraźny. Metody porównawcze w swej podstawowej postaci całkowicie abstrahują od prognoz skupiając się na danych za okresy historyczne (np. zysk netto czy wartość księgowa). Natomiast w metodach majątkowych koncentrujemy się na cenach rynkowych poszczególnych składników majątku (lub ich substytutów) możliwych do uzyskania, gdyby do transakcji kupna/sprzedaży miało dojść w bliskiej przyszłości.

Z istoty rzeczy, jeszcze trudniejsze do przewidzenia niż przepływy pieniężne z bliskiej przyszłości są strumienie gotówki znacznie oddalone w czasie. Z tego względu przyjęcie dowolnej szybkości tempa wzrostu wolnych przepływów pieniężnych po okresie szczegółowej prognozy zawsze może wywoływać kontrowersje. Już sam fakt, iż zakłada się, że tempo to jest stałe, może być trudny do zaakceptowania przez niektórych odbiorców wyceny.

Warto zwrócić uwagę na problem samoodniesienia występujący przy stosowaniu metody DCF. Wycena służy określeniu wartości rynkowej kapitału własnego. Procedura wyceny za pomocą DCF zakłada określanie średniego ważonego kosztu kapitału (WACC). Przy wyznaczaniu wartości liczbowej tej wielkości należy określić wagi kapitału własnego i obcego na podstawie ich wartości rynkowych. Problem polega na tym, że w procedurze wykorzystywana jest wartość rynkowa kapitału własnego, który miał być ustalony jako wielkość wynikowa. Mankament ten ma charakter przede wszystkim wymiar metodologiczny. W praktyce jego znaczenie jest zazwyczaj stosunkowo niewielkie. Zawsze można przeprowadzić analizę wrażliwości wynikowej wartości kapitału własnego na zmiany stopy dyskontowej. W analizie takiej niekoniecznie trzeba się odwoływać do sposobu kalkulacji tej stopy.

Jak już wcześniej wspominano, pojęcie „kosztu kapitału własnego” jest dość abstrakcyjne. Generalnie problemów takich nie napotyka się w odniesieniu do kosztu kapitału obcego, który stanowią odsetki od długu pomniejszone o oszczędności z tytułu tarczy podatkowej. Nie ma podstaw, aby równie niekontrowersyjnej i prostej formuły obliczeniowej oczekiwać w odniesieniu do kapitału własnego. O ile metoda „dochodu z obligacji z premią za ryzyko” jest prosta obliczeniowo, to zastrzeżenia może budzić dość arbitralne ustalanie premii za ryzyko. W metodzie CAPM obliczenia są trudniejsze, ale pozornie mniej w niej arbitralności. Pozornie, gdyż w praktyce nie wiadomo na jakim poziomie przyjąć wartość k_M (premia za ryzyko rynkowe) oraz dla jak długiego okresu historycznego dokonać kalkulacji współczynnika beta. Bardzo często zdarza się, iż licząc ten współczynnik dla różnej długości okresu otrzymuje się znacząco odmienne wartości. Fakt ten pozostaje zazwyczaj w sprzeczności z argumentami zdroworozsądkowymi, gdyż w większości przypadków trudno dostrzec przesłanki poważnych wahań w poziomie ryzyka działalności danej spółki.