Wady metod porównawczych, a stąd też ich krytyka, dotyczą głównie trzech obszarów wynikających z:

• subiektywności i w dużym stopniu dowolności w przyjmowaniu poszczególnych danych do wyceny,
• zastosowania w wycenie wartości księgowych podatnych na manipulacje,
• ograniczonych możliwości zastosowania.

Podstawowe wady wynikające z pierwszego ze zidentyfikowanych obszarów to brak konkretnych wytycznych i – co się z tym bezpośrednio wiąże – występująca dowolność w zakresie:

• okresu, z jakiego będzie przyjmowany kurs notowań do obliczeń,
• wielkości ekonomicznych i odpowiadających im mnożników,
• uśrednianiu wyników wyceny przy zastosowaniu różnych parametrów,
• określania premii za kontrolę i dyskonta z tytułu płynności[1].

Druga grupa zarzutów stawiana metodom porównawczym odnosi się do zastosowania do wyceny wartości księgowych dających się manipulować takich jak:

• zysk,
• wartość bilansowa majątku.

Na wielkość zysku – w przeciwieństwie do przepływów pieniężnych wyrażających rzeczywiste wpływy i wydatki gotówkowe w przedsiębiorstwie – wpływ mają:

• standardy rachunkowości,
• amortyzacja i sposoby jej naliczania,
• metody wyceny rozchodu zapasów,
• memoriałowe ujęcie nakładów na sfinansowanie wzrostu kapitału obrotowego netto i aktywów trwałych^[2].

 Trzecia grupa wad wycen porównawczych wynika z ograniczeń w ich stosowaniu. Metody te mogą być stosowane jedynie, gdy rynek kapitałowy:

• spełnia minimum hipotezę średniej efektywności,
• jest reprezentowany przez wiele podmiotów (tylko wtedy istnieje możliwość identyfikacji grupy podmiotów porównywalnych).